La manipulation est assez simple; en grande partie expliqué sur ce site : http://www.deb-multimedia.org/

Il faut d'abord modifier le fichier /etc/apt/sources.list (avec "nano" par exemple).
Rajouter : deb http://www.deb-multimedia.org jessie main non-free
(ligne pouvant être différente, allez sur le site pour choisir votre version)

Ensuite faire :
apt-get install deb-multimedia-keyring
apt-get update
apt-get dist-upgrade
apt-get install ffmpeg

On met à jour les dépôts, puis installe les dépendances, et enfin on installe FFmpeg.